مراحل مختلف هماهنگی و تعامل بین رزمندگان، در دوران دفاع مقدس به طور کلی در طول هشت سال دفاع مقدس،‌سه دوره متفاوت و اساسی – به لحاظ الگوی تعامل و همکاری فی مابین ارتش و سپاه – در سیستم فرماندهی و مدیریت دفاعی جمهوری اسلامی ایران وجود داشته است.
سرلشکر پاسدار غلامعلی رشید (جانشین رییس ستاد کل نیروهای مسلح) در یک جمع بندی کلی، ضمن تشریح چگونگی ایجاد هماهنگی بین نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران (ارتش و سپاه) در سالهای دفاع مقدس، این تعامل و هماهنگی ها را به سه دوره مشخص (به شرح زیر) تقسیم بندی کرده است:

دوره اول (حاکمیت تفکر بنی صدر)
اولین دوره فرماندهی و مدیریت رزمندگان اسلام در دفاع مقدس؛ از آغاز جنگ تحمیلی تا زمان سقوط و فرار بنی صدر (یعنی 10 ماهه اول جنگ) است.
در این مدت، ارتش جمهوری اسلامی ایران مسوولیت مستقیم فرماندهی و اداره امور جنگ و هدایت عملیات در صحنه های نبرد را عهده دار بود.
این دوره که از شهریور ماه سال 1359 تا پایان خرداد سال 1360 را در برمی گیرد سپاه پاسداران هیچ نقشی در فرماندهی و هدایت عملیات رزمندگان در صحنه های جنگ را نداشت.
اساسا این مقطع، دوره ای بود که به لحاظ استراتژی و تفکر بنی صدر، سپاه پاسداران و نیروهای مردمی و حزب الهی نقشی نداشتند. چون هدف اصلی بنی صدر، حذف رقیب (یعنی سپاه پاسداران) از عرصه مسائل سیاسی بود.
حضور سپاه پاسداران و جدی گرفتن نقش این نیروی تازه نفس در جنگ و دفاع، خلاف مبانی فکری و استراتژی بنی صدر بود. لذا عمده عقب نشینی ها و شکست ها و اینکه در آن زمان هیچ عملیات بزرگ و منطقی علیه نیروهای م***** صورت نگرفت، از عملکرد این دوره است.

دوره دوم (اجرای الگوی دو فرماندهی)
این دوره از مهرماه سال 1360 تا پایان 1363 است. که تقریبا برای مدت سه الی سه و نیم سال، سیستم دفاعی و عملیاتی جمهوری اسلامی ایران، است. یعنی در این دوره سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و ارتش جمهوری اسلامی ایران، تعامل و همکاری متقابل و مشترکی داشتند و اساسا "الگوی دو فرماندهی" حاکم بود. هیچ نیرویی (ارتش و سپاه) بر دیگری فرماندهی نداشت، جز در صحنه عملیات و در رده "گردان" که سپاه پاسداران فرمانده و میدان دار جنگ بود.
در همین راستا، توافقی فی مابین امیر شهید علی صیاد شیرازی (فرمانده وقت نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی ایران) و سردار محسن رضایی (فرمانده وقت کل سپاه پاسداران) به عمل آمد و این توافقنامه در تاریخ 6/12/60 (یعنی 21 روز قبل از آغاز عملیات فتح المبین) تنظیم و امضاء شد و برابر مفاد "بند پنجم" این توافقنامه با دو امضاء (امیر شهید صیاد شیرازی و سردار محسن رضایی) تصویب و جهت اجرا ابلاغ گردید. لازم به ذکر است، تصور این سند مهم و باارزش، در یگان های ذیربط ارتش و سپاه پاسداران، موجود است.
همچنین در اواخر سال 1361، موضوع ایجاد قرارگاه مرکزی خاتم الانبیاء(ص) (به عنوان مرکز فرماندهی عملیات) مطرح شد، و نام مبارک خاتم الانبیاء(ص) توسط سردار "غلامعلی رشید" برای این قرارگاه پیشنهاد گردید.
پیش از فعال شدن قرارگاه مرکزی خاتم الانبیاء(ص)،‌خصوصا در سال دوم جنگ (از مهر ماه سال 1360 تا دی ماه 1361) عملیات های پیروزمند چهارگانه ای (شامل: ثامن الائمه(ع)، طریق القدس، فتح المبین و بیت المقدس) به طور مشترک توسط رزمندگان ارتش و سپاه پاسداران اجرا شد. عملیات رزمندگان در این دوره،‌تحت نظارت "قرارگاه مرکزی کربلا" انجام می شد و این قرارگاه نیز تحت فرماندهی و هدایت مشترک "ارتش و سپاه" عمل می کرد.
در همین زمینه،‌در کتاب عملیات طریق القدس(ص 89)، از انتشارات سازمان حفظ آثار و ارزشهای دفاع مقدس ارتش جمهوری اسلامی ایران (چاپ اول 79) چنین آمده است:
"سرهنگ علی صیاد شیرازی (فرمانده وقت نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی ایران) به عملکرد سپاه پاسداران اعتقاد فراوان داشت و همکاری ارتش و سپاه را ترکیب مقدس نیروهای اسلام می نامید.
لذا در روز 7/9/60 - یعنی یک روز قبل از اجرای عملیات طریق القدس – طی امریه ای که فرماندهی نیروی زمینی ارتش و قرارگاه عملیاتی کربلا 1 (طریق القدس) ابلاغ کرد و قسمت هایی از آن عینا درج می شود، مسئله هماهنگی (به ویژه هماهنگی در تصمیم گیری ها) را مشخص کرده اند.
امیر شهید صیاد شیرازی می گوید: نکاتی که برمبنای تصمیم گیری های جلسه مشترک مرکب از فرماندهان نظامی سپاه پاسداران در حضور من و فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی "برادر محسن رضایی" به عمل آمده به این شرح ابلاغ می گردد:

نحوه فرماندهی یگان ها
الف: فرماندهی نیروهای هجوم کننده که اکثرا برادران سپاه پاسداران بوده و یا ترکیبی از پیاده ارتش و سپاه بوده، به عهده برادران سپاه است.
ب: فرماندهی نیروهای زرهی و مکانیزه به عهده فرماندهی نظامی خود بوده ولی باید طبق تدبیر عملیاتی، به موازات پیشروی نیروهای هجومی، در نگهداری زمین های پاکسازی شده و پشتیبانی یگان های در خط، کوشش کند.
پ: فرماندهی عمومی یگان های عمل کننده در محدوده تیپ های 1 و2 زرهی (لشکر 16) و تیپ 3 زرهی (لشکر 92)،‌به عهده فرمانده تیپ های مربوطه است.

دوره سوم (استقلال عمل ارتش و سپاه)
در این دوره، سیستم فرماندهی و اداره امور جنگ و دفاع، در ارتش جمهوری اسلامی ایران و سپاه پاسداران کاملا جداگانه و مستقل بود. ارتش و سپاه حتی در مناطق و صحنه های عملیاتی نیز جدا از هم، با نیروهای دشمن می جنگیدند. این دوره و روش فرماندهی و اجرای عملیات علیه دشمن، "از آغاز سال 64 تا پایان جنگ" به مدت "سه و نیم سال" اجرا شد.
در این دوره از سیکل مدیریت و فرماندهی رزمندگان اسلام، حاکم بوده است. همانند زمان اجرای عملیات والفجر 8 (آزادسازی بندر فاو عراق) که سپاه پاسداران به طور مستقل می جنگید و ارتش نیز در منطقه شلمچه به جنگ با م*****ین می پرداخت.
همچنین اجرای عملیات "کربلای 5" که به طور مستقل توسط سازمان رزم سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در جنوب اجرا می شد؛ ارتش نیز در زمین دیگری از مناطق غرب کشور، عملیاتی تحت عنوان "کربلای 6 را اجرا می کرد. بنابراین در این دوره، پیروزی های درخشان توسط مدافعان ایران اسلامی (اعم از ارتش و سپاه) کسب شد.
لازم به ذکر است، طی دوره سوم تعامل و هماهنگی بین ارتش و سپاه در دوران دفاع مقدس، قرارگاه مرکزی خاتم الانبیاء(ص) حضور فعال داشت و در مواقع لزوم به ارتش جمهوری اسلامی ایران و سپاه پاسداران دستور می داد که در رابطه با موضوعات مختلف، به یکدیگر کمک کنند و این کمک ها نیز صورت می گرفت، از جمله در امور:
- شناسایی محورها و مناطق عملیاتی دشمن؛ جمع آوری و ارائه اطلاعات لازم به نیروی عمل کننده
- تهیه و اجرای آتش پشتیبانی رزمندگان، در زمان عملیات علیه دشمن
- اجرای اقدامات مربوط به خنثی سازی و پاکسازی میادین مین
- تامین یا کمک در جهت ارائه خدمات درمانی و بهداری
- تامین یا کمک در جهت انجام عملیات مهندسی رزمی
- واگذاری بخش هایی از امکانات موردنیاز یگان ها و ....